Cet article analyse les controverses suscitées par l'épistémologie et la méthodologie de l'action expérimentale élaborées par Claude Bernard. Dans un premier temps il examine les distinctions conceptuelles proposées par Claude Bernard qui fondaient selon lui la restriction de l'extension du concept d'expérimentation dans les sciences du vivant. Dans un second temps, il présente le débat dans lequel s'enracina la pratique du raisonnement expérimental en zoologie pendant toute la seconde moitié du XIXe siècle. Dans un troisième temps, il examine la façon dont la botanique revendiqua le statut de science expérimentale à la fin du XIXe siècle (1880-1900). Enfin, il propose de dégager la polysémie du terme « expérimental » à un moment où les biologistes français voulurent construire un transformisme expérimental (1880-1920). F. F.