La comparaison entre Mach et Duhem révèle bon nombre de thèses communes. Les deux confinent la physique aux phénomènes; les deux la séparent rigoureusement de la métaphysique; les deux refusent de faire appel aux atomes et autres entités inobservables et rejettent la “mythologie mécaniste”; l’un et l’autre insistent enfin sur la nécessité des études historiques pour atteindre une connaissance complète des notions et des lois physiques et pour ébranler le dogmatisme aprioriste et métaphysique. De plus, Duhem a fait sienne l’idée de la science comme économie de pensée. Cependant, si Mach rejette toute métaphysique, Duhem admet sa légitimité.