Cet article aborde la question des modèles en biologie via les recherches sur le métabolisme mitochondrial. Il tente de montrer qu’il existe une véritable théorie des réseaux métaboliques basée sur : – 1. la cinétique enzymatique, entreprise de modélisation en biologie plus que centenaire, qui a conduit à des équations de vitesse classiques représentant les mécanismes moléculaires de la catalyse enzymatique; – 2. la décomposition d’un réseau métabolique en modes élémentaires qui sont les véritables voies métaboliques, c’est-à-dire les chemins empruntés par les métabolites; – 3. la théorie du contrôle du métabolisme qui est en fait une théorie de la sensibilité dans le voisinage linéaire des états stationnaires.