Réaffirmant la nécessité du recours intensif à la modélisation et à la simulation en biologie des systèmes, cet article montre que le but à atteindre pour cette dernière est d’«être capable d’instancier, grâce à des données massives obtenues expérimentalement, des modèles dont on maîtrise le fonctionnement d’un point de vue théorique», afin de «rejoindre le “cercle vertueux” expérimentation –> modélisation –> expérimentation». Les rapports entre les deux empiricités sont clairement établis : les données expérimentales servent à générer des modèles qui à leur tour conduisent à produire de nouvelles données expérimentales. C’est ce parti pris épistémologique qui est ici exploré.